| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,762,733 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,762,733 | 0 | A | T | 100.0% | 713.2 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,762,734 | 0 | C | G | 99.3% | 701.1 / ‑2.5 | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (148/143); minor base A (1/1); total (149/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,762,735 | 0 | T | A | 99.7% | 710.7 / ‑5.8 | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (148/145); minor base G (1/0); total (149/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
ACCATTACTTTCAAGAATAAATCCTACGCCATTATCTTCCGCACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTACTTAAATACACCTGCATTTTCCGACTTGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGACTAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTAACTCAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCAACTCTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGTGCTACTA‑CTAGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACACTACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACACTATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTACTCA > CP042583/1762457‑1763010 ||| aCTTTCAAGAATAATTCCTCAGCCATTATCTTCCGAACCTTTCAGTATTGTGTTGCTGTTGGTTAACAAGTCAGAACTTGATAAATACACCTGCATTTTCCGTGATGTTTGATTTTGTTGACCTAATAAATTTTTACAACGCAGAATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTATGACAATGTCAGATTAAAg < 2:2470921/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |