Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,765,766 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,765,766 | 0 | A | T | 99.7% | 777.3 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,765,767 | 0 | C | G | 99.7% | 778.0 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (159/163); minor base A (1/0); total (160/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,765,768 | 0 | T | A | 100.0% | 779.3 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (160/163); total (160/163) |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
GCTTACCGCTGGCGAAGTTATCGCTATTAATGCCTAACCGCTTGATAACTTCTCTACTTAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAATATCGATGTCATACTGCCCCGGTAAGGGTTGATTATCATCAAGACGAATATTTGCAACCTGCTGGTCTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCACTTGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCGCTAATCGTCACCCAATTAGCACTGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTT > CP042583/1765486‑1766047 ||| gCTTACCGCTGGCGAAGTTATCGCTATTAATGCCTAACCGCTTGATAACTTCTCTTGATAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAATATCGATGTCATACTGCCCCGGTAAGGGTTGATTATCATCAAGACGAATATTTGCAACCTGCTGGTCTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAg < 2:371414/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |