Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,766,607 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,766,607 | 0 | A | T | 99.7% | 733.2 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,766,608 | 0 | C | G | 100.0% | 732.4 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (140/164); total (140/164) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,766,609 | 0 | T | A | 99.7% | 733.2 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (139/164); minor base G (1/0); total (140/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
CGCCTGCAGCAGGCTAGAACGGTTTCCCTGGTTCATCAACTGCACCATCACTTCTTTATTTTCTGCCGGGTAAATAATGCGCGTCCCGTAGATAACAATTCCGGCATGTGCAGGAAGGACCATAGAAAAAATGAGTAAAGATAATAATCCTTTCATTTTAATGCCTCTTAAATTAAAAGGCCGCCATGGGATAGCGGCCATGTTTATTACCTGGAGAAACTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCACTTTGCACA‑CTGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAAGCTGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCA > CP042583/1766327‑1766886 ||| cGCCTGCAGCAGCGAAGAACGGTTTCCCTAGTTCATCAACTGCACCATCACTTCTTTATTTTCTGCCGGGTAAATAATGCGCGTCCCGTAGATAACAATTCCGGCATGTGCAGGAAGGACCATAGAAAAAATGAGTAAAGATAATAATCCTTTCATTTTAATGCCTCTTAAATTAAAAGGCCGCCATGGGATAGCGGCCATGTTTATTACCTGGAGAAACTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGcac < 2:1917655/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |