Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,766,817 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,766,817 | 0 | G | C | 100.0% | 943.9 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,766,818 | 0 | C | G | 100.0% | 937.2 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (196/198); total (196/198) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,766,819 | 0 | T | A | 99.8% | 948.8 / NA | 394 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (195/197); total (196/198) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
CTGGAGAAACTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCACTTTGCACACTGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAAGCTGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACACTATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATACTAC > CP042583/1766537‑1767097 ||| cTGGAGAAACTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGttt > 2:958173/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |