Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,767,093 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,767,093 | 0 | A | T | 99.5% | 498.7 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,767,094 | 0 | C | G | 100.0% | 498.8 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (91/117); total (91/117) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,767,095 | 0 | T | A | 99.5% | 496.1 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (91/116); total (91/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GCTGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACACTATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATACTACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGG > CP042583/1766817‑1767363 ||| cgagAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCata < 2:1317777/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |