Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 445,850 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 445,850 | 0 | A | T | 99.7% | 693.4 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 445,851 | 0 | C | G | 99.3% | 688.1 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (137/153); minor base T (1/1); total (138/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 445,852 | 0 | T | A | 99.7% | 697.3 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (137/154); total (138/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
AACCACTTCCTGTGGATATTCGGTGCCATTCAGGCGACCGTATAAATTCCCCACTTCATCGAAACGTGTTTCCAGCCCGCTTGCTGCCATTCTTTTTTTAAATTGCTGCTGGGTTTCCAGCCATTCCGGGCTATAAAGTAAACGGGTCATCCCACCCGCTGGGTCAGCGCCAAAAGAGGAAAGCCAGGGCAGCGTTTCTTCTATAGCTTGACGGAAATGTGTAATCATAAGAAAGTCCTGTCTCAATAATTATTGCGCAAAGGGATTTTTCGTTTCGTAACTCGTGTTATAAAGCGCGTCGGAAATTAAATACTGGTAAATATCATCAACAATTTCGATGCCTTCGACGGCGGCTTTGCGTTGTTTAATATCCTGATCCTGTCCGGGATAATAAACCTGATTAAAACCGGGCGCGGGGGTAATGGCATTTAATTCGCGCATGGTCTGGCTAAGATGTTGACGGAATAATTCGCTGGAGGAGAAAAAGTTCGGATTAATAACTATATGTAATTGCCCCAAATTACGCCCTGCGTGTAAATCGTCATACAT > CP042583/445571‑446119 ||| cTTCCTGTGGATATTCGGTGCCATTCAGGCGACCGTATAAATTCCCCACTTCATCGAAACGTGTTTCCAGCCCGCTTGCTGCCATTCTTTTTTTAAATTGCTGCTGGGTTTCCAGCCATTCCGGCGAATAAAGTAAACGGGTCATCCCACCCGCTGGGTCAGCGCCAAAAGAGGAAAGCCAGGGCAGCGTTTCTTCTATAGCTTGACGGAAATGTGTAATCATAAGAAAGTCCTGTCTCAATAATTATTGCGCAAAGGGATTTTTCGTTTCGTATGACGTGTTATaaa > 1:2318528/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |