| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,783,524 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,783,524 | 0 | A | T | 99.1% | 525.0 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (104/119); minor base G (2/0); total (107/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,783,525 | 0 | G | C | 98.7% | 513.3 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base C (103/117); minor base A (2/1); total (107/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,783,526 | 0 | C | G | 99.6% | 527.6 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (107/118); minor base T (0/1); total (107/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CTGCCGCCCGCCGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTAGTTTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAAGTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGAAGCATGGTCGATAGCGTGATCCACTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGTGGCAGTTACCCGGCATTCGTACCCATCTGGTGGCGTTTGACACAAGCGTCGTTGATCTCACGGCAGACGTTGCCGATCCGGTAGAGTTATTAATGAAAGTACAGTTGGGCGGCGGGACCAATATCGCCAGTGCCGTGGAGTATGGTCGGCAACTTATTGAACAACCAGCGAAAAGCGTCATTATCCTCGTGAGCGATTTTTACGAAGGGGGTAGTAGTAGTTT > CP042583/1783249‑1783795 ||| cTGCCGCCCGCCGGATAGTGTGCCAGGTTGTTGAAGAAATTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAAGTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGAtt < 1:242573/288‑2 (MQ=255) 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aaTTATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAAGTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCACTCTGCGGTGATg < 1:2188528/274‑1 (MQ=255) tATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAAGTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTACCAGCCGCATTAAACGCCAAACCGAACCATGGCAACTGGTATTCTTGGTTGATCAAAGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCTCCTCTGCGGTACTGGCGGTCTGGTTGTGGcgg > 2:2124683/1‑287 (MQ=255) tATGGCTCGACTGGCAAAGGAAGTTCGTCAGGCTTTTTCTGGTGTCCGCGATCGCCGTCGCCGTTCATTTATTCCACTGGCGCGAAACTTTGATTTCAAAAGTACTCTGCGCGCCAACCTGCAACACTGGCACCCGCAACACGGCAAGTTGTATATCGAATCCCCCCGCTTTAACAGCCGCATTAAACGCCAAAGCGAACAATGGCAACTGGTCTTACTGGTTGATCAACGCGGATCGATGGTCGATTCGGTGATCCCCTCTGCGGTGATGGCGGCCTGTTTGGGGCAg > 1:661036/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |