Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,788,218 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,788,218 | 0 | G | C | 99.2% | 624.8 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,788,219 | 0 | C | G | 99.6% | 625.2 / ‑5.0 | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/124); minor base A (1/0); total (144/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,788,220 | 0 | T | A | 99.2% | 628.4 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (142/124); minor base C (2/0); total (144/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TAGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGACTTGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGGCTCTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCGCTAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCACTCTGGGTGAGCATCGCTTTTTGCCGCTCATATTGCCCGGCAAGGATCT > CP042583/1787946‑1788495 ||| aGTCATCGCCAAACCGTTCACGTAAACGCTTATCCACCAGATTCATCCCCAGCCCACTGGCATTGGTTACCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCtt > 1:1051056/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |