| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 520,591 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 520,591 | 0 | A | T | 99.4% | 840.2 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (191/160); minor base G (0/2); total (192/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 520,592 | 0 | C | G | 99.4% | 833.1 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (191/160); total (192/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 520,593 | 0 | T | A | 100.0% | 852.8 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (192/162); total (192/162) | |||||||||||
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
GAATGCCCCCTTTTTGCAATAATGTTTGCGCCTCGCGCTGTAGCCAGCGCAGGCCCCCCTCGCCACCGCGGCTTGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGAGTGAGGTAATGCGGCAAGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGGCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAACCGTTGACCTGCCGTCAGTTGACTATTATTGGTACGCAGTTCGCGATCGGTCAGGCCACGGCAGAAACTTGCCGCCGTAGAACAAACGGTTGTTGGCGTTACCGGTTGGTTGAGTTGAAGCAAACGGCCAATTGCCGCACATAGCAGCCCTAAAGAAAAAATGCTGCCTTTATGCGTGTTTACGCCCGCAGTGGCGCGGAACATATCACCTTCGCAAGCCATACCAATTGGGCGTAATCCGTGGAGTACCGCTTCTGGTGCCATTTCCGCACTACAGGCACCAAATTCAATGAAACGGGGTA > CP042583/520317‑520871 ||| gAATGCCCCCTTTTTGCAATAATGTTTGCGCCTCGCGCTGTAGCCAGCGCAGGCCCCCCTCGCCACCGCGCGATGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGAGTGAGGTAATGCGGCAAGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGGCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAACCGTTGACCTGCCGTCAGTTGTGAATTATTGGTACg < 1:1826527/289‑1 (MQ=255)gAATGCCCCCTTTTTGCAATAATGTTTGCGCCTCGCGCTGTAGCCAGCGCAGGCCCCCCTCGCCACCGCGCGATGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGAGTGAGGTAATGCGGCAAGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGGCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAACCGTTGACCTGCCGTCAGTTGTGAATTATTGGTACg < 1:1237729/289‑1 (MQ=255)gAATGCCCCCTTTTTGCAATAATGTTTGCGCCTCGCGCTGTAGCCAGCGCAGGCCCCCCTCGCCACCGCGCGATGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGAGTGAGGTAATGCGGCAAGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGGCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAACCGTTGACCTGCCGTCAGTTGTGAATTATTGGTACg < 1:819316/289‑1 (MQ=255) ataatGTTTGCGCCTCGCGCTGTAGCCAGCGCAGGCCCCCCTCGCCACCGCGCGATGCAACGTTGGTATCGCCGTTGATCGCCATCAGTAGGAGCAAGGTATCGAGCAATGCCAGTTCAGGATCTAACCCCTGATCCAGCAGAGTGAGGTAATGCGGCAAGGCGTGATTGATCACCAGTGGATAACCCGCTTCGGCTTCACCGCGTGCGCCGGTAAGGCCAAGCTGTTGGTACAACCGTTGACCTGCCGTCAGTTGTGAATTATTGGTACGCAGTTCGCGATCGGTCAg > 2:2658919/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |