Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,794,300 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,794,300 | 0 | A | T | 100.0% | 670.8 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,794,301 | 0 | C | G | 100.0% | 662.2 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (120/157); total (120/157) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,794,302 | 0 | T | A | 99.6% | 664.8 / ‑5.8 | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (120/156); minor base C (0/1); total (120/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GCGGGCGTCAGCCAGATTAACTTGTTGTGCTCGCTATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTACTACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGACTACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGCGGGGTTAG‑CTTGAGCGG‑AAGGATTCAGTTGCAGAATCAGATAAATACTTAAGAGGCATATTCGGTCCGGCGTTTCCTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAAAGGGCGCAA > CP042583/1794022‑1794580 ||| gCGTCAGCCAGATTAACTTGTTGTGCTCCGAATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTaa < 2:1272056/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |