Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,794,363 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,794,363 | 0 | A | T | 99.2% | 597.3 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (106/143); minor base G (2/0); total (108/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,794,364 | 0 | C | G | 99.2% | 594.4 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (107/142); minor base T (1/1); total (108/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,794,365 | 0 | T | A | 99.6% | 602.3 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (107/143); minor base C (1/0); total (108/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTACTACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGACTACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGCGGGGTTAG‑CTTGAGCGGAAGGATTCAGTTGCAGAATCAGATAAATACTTAAGAGGCATATTCGGTCCGGCGTTTCCTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAAAGGGCGCAAACGTCGCGCCCTTACTAAAGCATTACAGCAACTCAAACTCGCCTTTCTTAACGCGTGC > CP042583/1794084‑1794638 ||| tgctgcGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGTGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGccc > 1:2541924/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |