| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,800,733 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,800,733 | 0 | A | T | 100.0% | 569.8 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (122/114); total (122/114) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,800,734 | 0 | G | C | 99.6% | 558.6 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (122/113); minor base T (0/1); total (122/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,800,735 | 0 | T | A | 99.6% | 556.5 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (120/113); total (122/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
AATGGTGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACA‑GGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTT > CP042583/1800458‑1801014 ||| aaTGGGGGGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTAACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACA‑GGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTa < 2:508236/289‑1 (MQ=255) 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agaAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACA‑GGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCcgc > 1:2357282/1‑288 (MQ=255) agaAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACA‑GGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCcgc > 2:1162680/1‑288 (MQ=255) aaTCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACA‑GGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCgcgc < 2:2196204/287‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |