Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,800,934 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,800,934 | 0 | A | T | 98.2% | 893.5 / NA | 385 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (199/178); minor base C (7/0); total (207/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,800,935 | 0 | G | C | 99.7% | 905.1 / NA | 385 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (205/178); minor base T (1/0); total (207/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,800,936 | 0 | C | G | 99.5% | 901.8 / NA | 385 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (203/178); minor base A (2/0); total (207/178) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
CGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCTTTCGGGTGATTGGCCCGACGCTGATTGGTGCCAGCCAGCTGCCGCCGAAAATCTTTCTGCCGCTGAATATTCTCGGCGCATTTGCCTGGGCGTTGATTTTTACCACTATTGGTTACGCTGGTGGTCAGGTGATTGCGCCGTGGTTGCACAATCTCGACCAGCATTTGAAGCACTGGGTCTGGTTGATTC > CP042583/1800655‑1801213 ||| aGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCCCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCGTGTACGCCGTTTCTCGGACCATCAGTATAAAATTGac > 2:2413230/1‑288 (MQ=255) gtATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGgc > 1:1643272/1‑289 (MQ=255) gtATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTGCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGgc > 2:2069841/1‑289 (MQ=255) tATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGgc > 1:869014/1‑288 (MQ=255) tATGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACCCCGTTTCTCGAAACATCAGGCTAACATTGAGCGGgc > 1:2661490/1‑288 (MQ=255) tGCTTACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCa < 2:1192679/289‑1 (MQ=255) tACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTGAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGaaa > 2:766659/1‑289 (MQ=255) tACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGaaa > 2:275831/1‑289 (MQ=255) tACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGaa > 1:2178798/1‑288 (MQ=255) tACTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGaa > 2:2652442/1‑288 (MQ=255) aCTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCATTACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGAGAAACCGTTACTTTGCGGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAATGTTCCCGCTGGTGTTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCGTGATTGACGCCCAGGTGCTCCTTTTCTGCGGCTGGCGGTTTGGCTGCAAGCTGTCACGCTGTTTCTCACAACAACAGTATATATTTGAGTCGGCGCatcaat > 2:2310361/1‑284 (MQ=255) cTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACt > 1:657992/1‑289 (MQ=255) cTGGCAACCAAAGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACt > 1:376340/1‑289 (MQ=255) aaaGGGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACg < 1:275831/289‑1 (MQ=255) acagacTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTAGCCAACGCCATCCGt > 1:331474/1‑289 (MQ=255) cTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTAt < 1:1003431/286‑1 (MQ=255) 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acacTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTCGCCTGGCGGAAGGTGAACCCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCt < 1:1205927/289‑1 (MQ=255) acacTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCt < 1:1843487/289‑1 (MQ=255) ttatctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtat > 1:759810/9‑289 (MQ=255) ttatctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtat > 1:1430158/9‑289 (MQ=255) ttatctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTtat > 1:2438755/9‑289 (MQ=255) atctcacAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTa < 1:1691892/271‑1 (MQ=255) cAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACAt > 2:1698870/1‑207 (MQ=255) cAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCt > 1:1066046/1‑289 (MQ=255) atatGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCtt > 2:2629826/1‑288 (MQ=255) atatGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCAAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCTTTATGTATGGCtt > 1:2627375/1‑288 (MQ=255) ccGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTa < 2:2055719/258‑1 (MQ=255) ccGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTAcg > 1:77586/1‑260 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |