| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 521,611 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 521,611 | 0 | A | T | 99.0% | 723.7 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 521,612 | 0 | C | G | 99.7% | 724.4 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (152/153); minor base T (1/0); total (153/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 521,613 | 0 | T | A | 99.7% | 721.0 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (152/153); minor base C (1/0); total (153/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
GCGAGCTTGAGGTCGCGAGCCGGGGCGGCAATGCTCAACATGCCCTCCGGCCCGCTGGCGGAAACCAGTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATACTTACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACGCTGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTG > CP042583/521333‑521890 ||| cGAGCTTGAGGTCGCGAGCCGGGGCGGCAATGCTCAACATGCCCTCCGGCCCGCTGGCGGAAACCAGTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCAt < 2:908067/288‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCGCGAGCCGGGGCGGCAATGCTCAACATGCCCTCCGGCCCGCTGGCGGAAACCAGTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCAtggtgg > 2:783601/1‑289 (MQ=255) cTTGAGGTCGCGAGCCGGGGCGGCAATGCTCAACATGCCCTCCGGCCCGCTGGCGGAAACCAGTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTGCCCTTTCATCCCGACTGACGAGCAGCCCGGGAATTGAAACCGCAtggggc > 1:1982982/1‑286 (MQ=255) cgAGCCGGGGCGGCAATGCTCAACATGCCCTCCGGCCCGCTGGCGGAAACCAGTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGGCCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGGGCTTGCCCTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCCCTGGGATTGATACCGCCTGGTGGCTGGCGAgg > 2:650509/1‑287 (MQ=255) 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cAATGCTCAACATGCCCTCCGGCCCGCTGGCGGAAACCAGTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCAATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGATCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCCGCTCGGGGATTGATAACGCATGGTGGATGGCGCGTTCAGGAAGCgggc > 2:1583883/1‑287 (MQ=255) aTGCTCAACATGCCCTCCGGCCCGCTGGCGGAAACCAGTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCa < 2:255937/289‑1 (MQ=255) cTCAACATGCCCTCCGGCCCGCTGGCGGAAACCAGTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATgg > 2:1476978/1‑289 (MQ=255) 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gTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCa > 1:1535476/1‑288 (MQ=255) tGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTc < 2:17808/258‑1 (MQ=255) tGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGcaca < 1:1762289/270‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |