| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,803,317 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,803,317 | 0 | G | C | 99.7% | 802.6 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (156/182); total (157/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,803,318 | 0 | C | G | 99.4% | 793.3 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (155/182); total (157/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,803,319 | 0 | T | A | 99.7% | 801.2 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (157/181); total (157/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
CTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCGCTCATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGCATATCCGGTGCGTTCTGTAGTGCATTGTTAATTAAGGAAGACTGTTGATTATCGTGATACTCCAGCCACCATTGGCTGTCTGGCCAACCATTTTCAGCGCCGTGGGTAATGCGGTGTCAACTTGTGCAGCGGGCGTTTGCTGGCTTAACGCCTGGCGGGTTTCATGCAT > CP042583/1803038‑1803597 ||| ctctTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACAttttt > 1:988134/1‑289 (MQ=255) gttttCTGTTTGCTCCAAGACTGTGTTTAACTCCGCCTGGGTTG‑GCCACTCCCAGGACAGGCTGCCT‑CTCTGCCCAGCCAGCAATTGTCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCAAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTTGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGc < 1:1536135/288‑1 (MQ=255) tttgCTATTTGCGCCAAGCCCGTGTTGACCG‑CGGCTGGGTTTGGCCACTCCCGGTACAGGCGGGCTCCTCTG‑CCAGCCAGCAAGTGGCGGGTTGGCTCGCGTC‑CCGCCGCCCGTGTTTTAACCTTACCCAGGCGGGCAGTACCCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGcc < 2:1930197/289‑1 (MQ=255) tgctgcAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCata > 1:1930197/1‑288 (MQ=255) aaGACCGTGTTTACCGCCGCCGGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACCGGCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATccgccg < 1:416583/289‑1 (MQ=255) tgtTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTTCGGCCGGATCGCTCAGAGCAAACGGCCCCCTTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTTCCGCTCCATATCCGCCGaaaac > 2:2161464/1‑286 (MQ=255) tgtTTAACGCCGCCTGGGTTT‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTc > 1:1312124/1‑289 (MQ=255) t‑GCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGc > 2:96099/1‑246 (MQ=255) tCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCaa > 1:1859575/1‑289 (MQ=255) cccAGTACAGGCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTAACGTTGGTGTACCACGGGCCGGGCGTACCTGCGGCCCGATCGTTCACAGCAAACGGCCCCATTGAGCCTTCTGCCGACATTTTCTGCCCCTCCATTACCGCCGCAAAGTGGATCTGCGGACCACCCTCAGTGGcca > 2:1895079/1‑286 (MQ=255) 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ggCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACAtttttt > 1:2267203/1‑228 (MQ=255) ggCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCg > 1:1801622/1‑288 (MQ=255) gCGGGCTACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACCGCCCCCTTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCCCCATATCCCCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTTGCAACTGCCTTccc > 2:2124008/1‑286 (MQ=255) 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tACGCTG‑CCAGCCAGCAATTGGCGGGTTGGCTCGCGTT‑CCGCCGCCAGTGCTTTAACCTGACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTGCCCCAGATAGCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGc < 1:2305163/288‑1 (MQ=255) aaTTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATg < 1:1253457/288‑1 (MQ=255) ttgtgcgcGTTTGCTCCGGTT‑CCCCCGCCCGTTCGTGACCCGTACCCAGGCGGGCATGAACCTCCCCCAGTTTATTGCCCCAGATATCGAGCTGCCGGCCCGCCGTTAAGCCAAAATTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATgcg < 2:2308471/285‑1 (MQ=255) aTTGGCGGGTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTACCCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATgcg < 1:1648597/289‑1 (MQ=255) aTTGGCGGGTTTG‑TTGTGTTCCCGCCGCCGTATCATTACCCGAACCAGAGCGGACAGCTACCGCCGTCCGATTCTTTCCCCAGCGAGCGGGAGGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAGAAGTGCCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATgcg < 2:454294/289‑1 (MQ=255) gTTTGCTCGCGTT‑CCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGTTCAGAGCAAACGGCCCCATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAACGTCGCTCTTCGGACCATCCTGGGTGGCACCTGCCTTCCCCTGGGCTTCCACTAGCTTGATgcgcgtttcc > 2:2684297/1‑282 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |