Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,809,466 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,809,466 | 0 | A | T | 99.0% | 699.7 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,809,467 | 0 | G | C | 99.7% | 705.5 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (147/150); minor base T (1/0); total (148/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,809,468 | 0 | T | A | 99.7% | 715.7 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (147/150); minor base C (1/0); total (148/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATG‑‑‑‑AGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGAC > CP042583/1809189‑1809744 ||| tGCCAAAGCGGTTTTACCCGTGCCGGTGTTGCTGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATG‑‑‑‑AGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATg < 2:612360/289‑1 (MQ=255) tGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATG‑‑‑‑AGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATg < 1:742548/289‑1 (MQ=255) tGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATG‑‑‑‑AGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATg < 1:2499979/289‑1 (MQ=255) caattGTACCCGTGGCGGTGTTGATTCACCTAATGATGTCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTAGGACGTCACGATTTATG‑‑‑‑AGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGAt < 2:1995414/285‑1 (MQ=255) 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ttACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATG‑‑‑‑AGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACt < 1:2484907/289‑1 (MQ=255) ttACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATG‑‑‑‑AGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACt < 1:669788/289‑1 (MQ=255) ttACTGAGTTTGACCAAAAACCCGGAATGGAAGTTTATCAGCACGGTACTAACACCGTCGGCAACGTCGGGTGTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATG‑‑‑‑AGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCGATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGGACATTAAGGGCAACAACGACGTCGGTAACACACt < 2:1906284/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |