Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,809,601 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,809,601 | 0 | A | T | 99.6% | 661.3 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,809,602 | 0 | G | C | 100.0% | 662.9 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (157/123); total (157/123) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,809,603 | 0 | T | A | 99.6% | 663.8 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/122); minor base G (0/1); total (157/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
CGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGTGAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTAGCATCATCGATGGATTC > CP042583/1809324‑1809879 ||| gatgatTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGGGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGAGTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTAGTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCggg < 2:744838/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |