Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,812,547 | 6 bp→CGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,812,547 | 0 | G | C | 97.6% | 662.8 / ‑3.5 | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/5); new base C (149/131); total (152/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,548 | 0 | C | G | 97.6% | 663.7 / 2.0 | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (149/131); minor base A (2/5); total (152/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,549 | 0 | T | A | 97.6% | 658.3 / ‑4.6 | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base A (149/131); total (152/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,550 | 0 | A | T | 97.9% | 672.1 / 7.2 | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); major base T (148/131); minor base . (1/5); total (152/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,551 | 0 | C | G | 99.3% | 674.3 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (150/136); total (152/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,552 | 0 | T | A | 99.7% | 691.3 / ‑5.6 | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (151/136); minor base . (1/0); total (152/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TCGTGCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTT‑GGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGC‑ACGCTACTCTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATC > CP042583/1812273‑1812820 |||||| cGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTT‑GGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGC‑ACCGATGACTGGGTGAGAATATTACtt > 1:1775213/1‑289 (MQ=255) 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tAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTT‑GGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGC‑ACCGATGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGaa > 1:1437719/1‑289 (MQ=255) cAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTT‑GGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAAAACGC‑ACCGATGACTGGGTGAGAATTATACTTAAGTTAAAAAGACTTAAAACTTGTGGGTCCTGGAAaata > 2:1925164/1‑289 (MQ=255) aTCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTT‑GGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGC‑ACCGATGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCa > 2:2283486/1‑289 (MQ=255) 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cgcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGC‑ACCGATGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTgg > 2:2018142/1‑227 (MQ=255) gcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTT‑GGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATACTACGC‑ACCGATGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATAGCCAGCAAAACTAAAAAAACGACGAAATAAACGCCCACTTTCAGgtaagtaa > 2:501979/1‑289 (MQ=255) gcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTT‑GGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGC‑ACCGATGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac > 2:2622931/1‑257 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |