Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,814,221 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,814,221 | 0 | A | T | 99.7% | 853.7 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,814,222 | 0 | C | G | 100.0% | 846.2 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (172/183); total (172/183) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,814,223 | 0 | T | A | 99.7% | 842.3 / NA | 355 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (171/182); minor base G (0/1); total (172/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
AACTCCTGGTGTACCATGCTAATACCATTTTCCAGGGCTTCTTTTGCAGAATGGAAATCGATCTCTTTACCCTGGAATAAAATGGTGCCGGAGTCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTGCTTTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTACTGCTGACCATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTCTTTATCTACGCCAACATAAGGTACGCGGACCACTTTGTTGTCGATTTTCCAGTTGGTGCCATCAGCCGCACCTTTACCATCGGCCAGGTTTTTCGCCAGATCAAAGGTCGCTTTCGCCTGGTTGTTAGCATCGTTCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCA > CP042583/1813943‑1814498 ||| aCTCCTGGTGTACCATCGAAATACCATTTTCCAGGGCTTCTTTTGCAGAATGGAAATCGATCTCTTTACCCTGGAATAAAATGGTGCCGGAGTCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACCat < 1:928229/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |