Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,830,340 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,830,340 | 0 | A | T | 100.0% | 758.0 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,830,341 | 0 | G | C | 100.0% | 748.8 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (145/171); total (145/171) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,830,342 | 0 | T | A | 99.7% | 758.2 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (145/170); total (145/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
ATAGCATCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTAGTGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGAGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAA > CP042583/1830077‑1830616 ||| atagcaTCATCATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCAttt > 2:1616669/1‑289 (MQ=255) tagcaTCAACATGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTGCATTGTTTCTTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCATCTAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGGGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGTCGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATGGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATAAGCGGCGGGTTCAtttt > 2:72738/1‑289 (MQ=255) tatcttGTCCCAGATCTCAATCCAGATTAAATGTTCTCTTTTCCATTGTTTCTTTCCTCTGTTTCCCGTTTCTTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACATCGTACTTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTATCGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcg < 2:1178636/288‑1 (MQ=255) catcatGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcg < 1:1778995/289‑1 (MQ=255) catcatGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcg < 2:230619/289‑1 (MQ=255) catcatGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcg < 1:2695760/289‑1 (MQ=255) catcatGACCCGGATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAgcg < 1:1537698/289‑1 (MQ=255) 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cGGATCACAATCCAGAATATTTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGTGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACa < 1:137414/289‑1 (MQ=255) ggATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACAt < 1:1163481/289‑1 (MQ=255) gATCACAATCCAGAATAATTTTTCTCTTTTCCATTGTTTATTTCCTCTGTTTCCAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACAtt > 1:1646115/1‑289 (MQ=255) 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cAGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGGATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCgcgc < 1:1582702/289‑1 (MQ=255) aGTTGCGTTATTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTg > 2:2012918/1‑261 (MQ=255) tGCGTTTTTTTTTCTACAGCAAAGAAAATTCGACCGGGCCGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCTTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCGTTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGcc < 2:1321616/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |