| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,830,472 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,830,472 | 0 | A | T | 100.0% | 758.2 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (159/156); total (159/156) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,830,473 | 0 | G | C | 99.7% | 746.6 / ‑5.0 | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/156); minor base T (1/0); total (159/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,830,474 | 0 | C | G | 99.7% | 747.8 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (158/156); minor base T (1/0); total (159/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
CGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCG‑TTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTAGTGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGAGCCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGTTTTATTGGCGAGATTGAGTTAATCGATAAAGACCATGAACCGCGTGCGGTGCAGGCTATTGAAGAGTGTTGGTGCCTTGCGCTCCCTATGAAACATTACCGTCCGCTGTTATTAAACGACACGCTATTTTTACGAAAACTCTGCGTCACCTTAAGTCATAAAAATTATCGTAATATTGTTTCTTTAACTCAGAATCAAAGTTTTCCGTTAGTGAATCGCCTGGCAGCATTTATATTACTCAGCCAGGAA > CP042583/1830192‑1830750 ||| cGATGATTGAATCTTAACAACAGCGTACGTATGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCG‑TTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATc < 2:1386449/289‑1 (MQ=255) cgtacgtaTGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCG‑TTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTACTGGTCGCGTGTCGCTGTCCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGtct > 2:2470327/1‑287 (MQ=255) cgtacgtaTGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCG‑TTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGttt > 2:666520/1‑289 (MQ=255) cgtacgtaTGCTAAATATGAGAAATCTCATAGCGGATAAACATCGTGAAAGAAATCCACAATAATGATCTTAAGCAGCAATTGATGAGTGAATCCGCG‑TTTAAGGATTGCTTTTTAACGGATGTTTCAGCCGATACGCGGCTGTTTCATTTTTTAGCGCGTGACTACATTGTGCAGGAAGGGCAACAGCCGTCCTGGCTGTTTTACCTGACGCGAGGCCGCGCCAGGCTTTACGCCACGCTAGCTAATGGTCGCGTGTCGCTGATCGATTTCTTTGCCGCCCCCTGttt > 1:1884639/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |