Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,833,328 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,833,328 | 0 | G | C | 99.6% | 551.7 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,833,329 | 0 | C | G | 99.6% | 547.5 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (105/130); minor base A (0/1); total (105/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,833,330 | 0 | T | A | 99.2% | 549.2 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (104/128); minor base G (0/2); total (105/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCTGTAATAAACGCCGTCGCCGCCCATGCTCAATACCAGTCGGTTCAGGCCATGTTGATGGAACC > CP042583/1833051‑1833608 ||| tCACGGCCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGtt > 1:2284780/1‑289 (MQ=255) 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TCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCTGTAATAAACGCCGTCGCCGCCCATGCTCAATACCAGTCGGTTCAGGCCATGTTGATGGAACC > CP042583/1833051‑1833608 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |