Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,833,346 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,833,346 | 0 | G | C | 99.6% | 608.2 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,833,347 | 0 | C | G | 100.0% | 611.3 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (117/140); total (117/140) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,833,348 | 0 | T | A | 99.6% | 608.2 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (116/140); total (117/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCTGTAATAAACGCCGTCGCCGCCCATGCTCAATACCAGTCGGTTCAGGCCATGTTGATGGAACCAGGCAGCAACTTTTGCCAC > CP042583/1833066‑1833627 ||| tCAATTTCTTTGATGCTTAACACCACTGTCATCGCGCCGCCAATCATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGACCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTGTTGTGTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATc < 2:1782494/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |