Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,833,955 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,833,955 | 0 | G | C | 99.2% | 861.1 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (203/159); minor base A (1/1); total (204/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,833,957 | 0 | T | A | 99.7% | 876.2 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (202/162); total (204/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
CGGTTTGGCTTGAGAGTGTGGATCTGATTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACATTTCCATGCGCTAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCG > CP042583/1833677‑1834236 ||| tttGGCTTGAGAGTGTGGATCTGATTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACATTTCCATGCCGAAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTTCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTAACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTTGATGTATTTtct > 2:1184716/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |