| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,834,177 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,834,177 | 0 | A | T | 99.7% | 763.6 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,834,178 | 0 | C | G | 100.0% | 759.1 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (143/173); total (143/173) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,834,179 | 0 | T | A | 100.0% | 768.8 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (143/173); total (143/173) | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
TGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCGCATAGCACGTCCTCTGGTAAAAAATTACCAACCCTGTCAATCCACAAGAATATAGATACTGCAAAGACGGTTTAAACATGTGTTCATATTTAAACATGTGCTCATAGTATGCATGTTTTACGTAAAGTAAATTACCGCCAGAGAGGCAAAATGGGCAGATTTGAGCAGGCTCACAAAATGCGATTAAATGCCTGAATTACAAAAGCG > CP042583/1833900‑1834443 ||| gTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCg > 2:853378/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |