| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,839,496 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,839,496 | 0 | A | T | 98.0% | 473.3 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,839,497 | 0 | G | C | 99.0% | 472.7 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (114/87); total (118/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,839,498 | 0 | C | G | 99.0% | 477.4 / NA | 206 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (116/87); total (118/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTAGTCTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGAGCATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTG‑GGGCAGCAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCTATTTATTATCAACGAACTGCATCTTCCCGAGAAACTGGCCGGTGTGATGATGGGGACCGCCGCCGGGCTGGAAATCCCGACGATGTTGATTGCCGGATATTTCGCCAAACGTCTGGGTAAGCGTTTCTTAATGCGCGTTGCTGCCGTGGGTGGCGTCTGTTTTTACGCAGGAATGCTGATGGCGCATAGTCC‑TGTCATTCTGTTGGGCTTGCAGCTGCTAAATGCTATTTTTATTGGCATTCTGGGCG > CP042583/1839216‑1839775 ||| cGGACGTGAGTCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTG‑GGGCTCGAACAGc < 1:2648259/289‑1 (MQ=255) ggACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTG‑GGGCTCGAACAGcc < 1:619302/289‑1 (MQ=255) gtggggggtggATGTCCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGGCGATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTG‑GGGCTCGAACAGCCTGt < 2:1222393/278‑1 (MQ=255) gTGGGGTGGTGTTGTTCAGCTCTTTTTTACGCGGTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTG‑GGGCTCGAACAGCCTGt < 2:2128556/288‑1 (MQ=255) 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tGATGTG‑GGGCTCGAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCTATTTATTATCAACGAACTGCATCTTCCCGAGAAACTGGCCGGTGTGATGATGGGGACCGCCGCCGGGCTGGAAATCCCGACGATGTTGATTGCCGGATATTTCGCCAAACGTCTGGGTAAGCGTTTCTTAATGCGCGTTGCTGCCGTGGGTGGCGTCTGTTTTTACGCAGGAATGCTGATGGCGCATTCACC‑TGTCATTCTGTTGGGCTTGCAGCTGCTAAATGCTATTTTTATTGGCATTCTggg < 2:1368862/289‑1 (MQ=255) ||| CGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTAGTCTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGAGCATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTG‑GGGCAGCAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCTATTTATTATCAACGAACTGCATCTTCCCGAGAAACTGGCCGGTGTGATGATGGGGACCGCCGCCGGGCTGGAAATCCCGACGATGTTGATTGCCGGATATTTCGCCAAACGTCTGGGTAAGCGTTTCTTAATGCGCGTTGCTGCCGTGGGTGGCGTCTGTTTTTACGCAGGAATGCTGATGGCGCATAGTCC‑TGTCATTCTGTTGGGCTTGCAGCTGCTAAATGCTATTTTTATTGGCATTCTGGGCG > CP042583/1839216‑1839775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |