Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,843,998 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,843,998 | 0 | A | T | 100.0% | 552.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,843,999 | 0 | G | C | 99.6% | 548.5 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (112/117); minor base A (0/1); total (112/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,844,000 | 0 | T | A | 100.0% | 553.6 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (112/118); total (112/118) |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
GCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTAGTCTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTAACTGCAGTGGTATTAAACCAGCTGGGTCAGGCATTAATTCCTGTAAAACGGGCCAGCCCAACATTGACTTTTACCGATATTAACCGCGTCAGCGAACTGCTCTCTGTTCCCACGAAAGATGCCAGTCGAGATAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTAGCGCATTCATG > CP042583/1843721‑1844279 ||| cgcgcTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCg < 1:1066152/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |