Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,852,026 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,852,026 | 0 | A | T | 100.0% | 717.0 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (154/144); total (154/144) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,852,027 | 0 | G | C | 99.7% | 709.8 / ‑5.1 | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (152/144); minor base T (1/0); total (154/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,852,028 | 0 | T | A | 99.7% | 706.3 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (153/143); minor base G (0/1); total (154/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCAAGTCCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGAGTGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCAGTACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGATTTTGAAGCGCATTGTGGATCATAATGTGGTGGTGAAAAACATCAGTTTTACGCTACGAGCGGGTGAAACACTGGGTTTAGTGGGCGAGTCCGGTTCCGGGAAAAGTACGACGGGACTGGCGCTGCTGCGACTGATTAATTCTCAGGGCAGCATCATCTTTGACGGTCAGCCACTGCAAAATTTAAATCGCCG > CP042583/1851747‑1852306 ||| ggCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCa < 1:2622171/289‑1 (MQ=255) tGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGcc < 1:2493056/289‑1 (MQ=255) gTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCg < 2:1120592/289‑1 (MQ=255) aCGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGc < 2:309484/289‑1 (MQ=255) 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ATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCAAGTCCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGAGTGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCAGTACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGATTTTGAAGCGCATTGTGGATCATAATGTGGTGGTGAAAAACATCAGTTTTACGCTACGAGCGGGTGAAACACTGGGTTTAGTGGGCGAGTCCGGTTCCGGGAAAAGTACGACGGGACTGGCGCTGCTGCGACTGATTAATTCTCAGGGCAGCATCATCTTTGACGGTCAGCCACTGCAAAATTTAAATCGCCG > CP042583/1851747‑1852306 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |