Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,853,106 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,853,106 | 0 | G | C | 100.0% | 874.2 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,853,107 | 0 | C | G | 99.7% | 877.2 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (158/207); total (159/207) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,853,108 | 0 | T | A | 100.0% | 883.5 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (159/207); total (159/207) |
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
GAGCTGACGCTTAAAAAGGATTGTAGTTACTAAAGGGTTCGGCAATTGCCACACCAAAATTTTTCAATCGGCATGTTGCAGCAAACTCGTCCTGGCGATTTACAAACAGGCACGGCTCACCTTCACACTCCAGCACGCTACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTATACATCACGCTCCATGCATTATCACCATCCGGGCTAAGCAATTTAAGCGCCACCAGGCTGTTGTCACCGCACGGTCCA‑TTTTGCGGAATCGGTTCAACCTTGCTACCTGCGAAACCAGCAGACCAGCGATAGTTCTGCGGCAGTCGATGGACGATACTGAGTTGTAAACTAGTCACTTATTTTCCCCGGAAGCACATTCACTTCACAATTTGTTTACATCAATTTTAACACATCATCAACAATCCGTCTTTATACAGATCGTAAAGATTGATGCCTCGCCTGCGTGGCCTCTATGGCTCTGATTTAAGTAATATCTGCGGGCGTGGTCACGTTTGCGGGGCTATATGTACCCGTTTCTGCGATCTAACTCAACCTTTTTAA > CP042583/1852826‑1853385 ||| tGACGCTTAAAAAGGATTGTAGTTTGAAAAGGGTTCGGCAATTGCCACACCAAAATTTTTCAATCGGCATGTTGCAGCAAACTCGTCCTGGCGATTTACAAACAGGCACGGCTCACCTTCACACTCCAGCACCGAACATGGAACTTCGATGTCGCTTAACGCCTGGCTTAGTTTATACATCACCGACCATGCATTATCACCATCCGGGCTAAGCAATTTAAGCGCCACCAGGCTGTTGTCACCGCACGGTCCA‑TTTTGCGGAATCGGTTCAACCTTCGAACCTGCGaa < 1:1481273/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |