Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 529,418 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 529,418 | 0 | A | T | 99.6% | 669.2 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 529,419 | 0 | C | G | 99.6% | 668.2 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (144/135); minor base T (1/0); total (145/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 529,420 | 0 | T | A | 99.6% | 671.9 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (144/135); minor base C (1/0); total (145/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TAGGGTTGCCATCAGCAAAACACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACA‑GGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTACTCGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTACTAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTGTCTCCAGGCCCCAAAGTAAATAATAAAAAATTCCTAAAGCTTAAGGAAAAAATATGCCCAATAAATTGGCGATGAATGCTGATTAAAATCAAGAAAAA > CP042583/529142‑529694 ||| tAGGGTTGCCATCAGCAAAACACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACA‑GGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCctggctg < 1:2067916/289‑1 (MQ=255) ggTTGCCATCAGCAAAACACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACA‑GGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGAc > 1:1246925/1‑289 (MQ=255) tCAGCAAAACACCCAGACCGGTTGCGGAAGAGACGGCCAGAGACATCAGACA‑GGCGACAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCC‑GCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACt < 2:716872/289‑1 (MQ=255) aaaCAACCAGACCGGGGGGGGAGGAGACGAGCAGAGAC‑TGAGAAACGGCGAAAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATGTACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCAGCATATCATTCGGGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGAAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTtgtg < 2:2573199/289‑1 (MQ=255) 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cGACAAAATAGCCGGCACTCATCAGCAGGGAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATACGGGTCGTGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCCTCATGCCGAGGCCGCCGCAGCGGCTCATTCGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCCGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACAATTTGGGCTCCAAAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGACACCAacaaacaa > 2:1082326/1‑289 (MQ=255) cAAAATAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAAGCCACCGACAAacaacaa > 2:725378/1‑288 (MQ=255) cAAAATAGGAAGGAATGATACGAAAGTAAGGGGAGTTAATATACGGAAATGGGTTTGACGCCAGCTTGACCACAATCACATTCACGCCGATATGGGTAATGTAGGCGGCAAATCGACTCAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGACGCCGCGGCTCATTAGTAATAGTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTGTGTGCCCAATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAaca < 2:1901674/288‑1 (MQ=255) aaaaTAGGCGGCAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAacac > 1:1831232/1‑288 (MQ=255) gcAATCATCAGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCg < 2:318099/288‑1 (MQ=255) tcatcaGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATa < 1:2123517/289‑1 (MQ=255) tcatcaGCAGGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATa < 1:943716/289‑1 (MQ=255) agGTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCtt < 1:1420401/286‑1 (MQ=255) gTAAGGGGAGTTAATATACTGCAATGGTTTTGACGCCAGCTTGACCACCATATCATTCGCGCCGATATGGGTCATGTAAGCGGCAAATCCACACAGCATCATAATCATCATGCCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAatg > 1:563977/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |