Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,885,593 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,885,593 | 0 | A | T | 99.7% | 744.3 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (154/160); total (155/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,594 | 0 | G | C | 99.7% | 745.9 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (155/161); total (155/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,595 | 0 | C | G | 99.7% | 750.8 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (155/161); minor base T (0/1); total (155/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCAGCGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGTTCCTTATGGCACCTTATTGCTGGATACGTTGCAAAACATTCTGCTGCCACTGCTGCTGAACATCGGTTTGCTGGCGCTGGCGTTATTTGGCTATACCACATTCCGCCATTTCTCCAGCCGCAGTACAGAAAACGTCCCCAGCACGGCGGTCAATAACGAATTGCGCATTTTACGGGCAATCAATGAAGAGATAGTCAGTCTGCTGCCGCTCGGCCTGCTGGTTCACGATCAGGAA > CP042583/1885314‑1885868 ||| gCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGCAGGGACGGATAGCGTCAGTAGCCACTTTAACAGTACGAAAATGGAAATCTCCTCGGCACTCa > 2:464897/1‑289 (MQ=255) gCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCa > 1:910128/1‑289 (MQ=255) aaCGGCATCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATACGCGGCCTGGCCTGCCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAAct < 2:2240835/289‑1 (MQ=255) tCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGa > 1:2299505/1‑289 (MQ=255) ttttCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGc < 2:110126/289‑1 (MQ=255) ttCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTACCCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATgcgc < 1:2717125/277‑1 (MQ=255) tttAACATTCGCCGCGTGGCGTGGGAGAACAGTCAATACTTTACATTGCGTACTCCCTTTAACCAGCCAGGACAGCTGGGAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCACACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAgg < 2:1957393/287‑1 (MQ=255) 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cGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGTTCCTTATGGCACCTTATTGCTGGATACg < 2:560006/289‑1 (MQ=255) aCTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTg > 1:2057716/1‑242 (MQ=255) ttACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGTACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTTAACAGTACGAAGATTGAAATCTCCTCGGCACTCAACTCTACCGATATGCGCCTGGTCTGGCAGGTTCCTTATGGCACCTTATTGCTGGATACGTTGCAAAACAt < 1:247884/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |