Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,891,977 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,891,977 | 0 | A | T | 99.2% | 903.6 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,891,978 | 0 | G | C | 99.7% | 896.2 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (182/197); total (183/198) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,891,979 | 0 | C | G | 99.7% | 898.7 / NA | 381 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (182/197); minor base A (0/1); total (183/198) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
TGGTCGCGAAGTGATGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATAGTGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATAGTATGCTCCCCATTGAGCGT‑AATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCAGCACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGCGTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCA > CP042583/1891700‑1892258 ||| aaGTGATGCGTACAAATACCCATTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGT‑AATGGTGAAATCCCCGGCTATTTCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAATATGGATGTGAGGATTATCAATGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGCTAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCTGTCGCCTGCGCGCCAATCTTGATATCAGCACCGATGGCCTCCCGACTCAGGCACAAAacat > 2:1600225/1‑289 (MQ=255) aTGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGT‑AATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTccc > 1:1112310/1‑288 (MQ=255) aTGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGT‑AATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTccc > 1:1716675/1‑288 (MQ=255) tGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGT‑AATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCAc < 1:2643744/289‑1 (MQ=255) 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ccTTTAGTTTATTCAGGCAGGTAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGT‑AATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCg < 1:607514/278‑1 (MQ=255) cTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGT‑AATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGTCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGTTTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATAACCGATGGCCTCTCGACTCTGTCACAAACTATACCCACTCGATTACCCCAAtt > 2:1135000/1‑289 (MQ=255) tAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGT‑AATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGcc < 1:625231/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |