Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,894,931 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,894,931 | 0 | A | T | 99.5% | 884.5 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,894,932 | 0 | G | C | 99.7% | 873.1 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (200/167); total (201/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,894,933 | 0 | T | A | 99.2% | 878.5 / NA | 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (199/167); minor base C (2/1); total (201/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
TCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTAGTCATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCAACCTGACCTA > CP042583/1894651‑1895205 ||| tCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATc > 2:190307/1‑289 (MQ=255) tGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCAcc < 1:2408608/289‑1 (MQ=255) tGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCg > 2:1150433/1‑289 (MQ=255) aCTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACa > 2:1847661/1‑289 (MQ=255) 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ggTGTATGCAAGAGAGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGat < 1:2647619/289‑1 (MQ=255) aaGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCCTCCCGCCTGGTTGCAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCCGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCCTCGTCAATAGTCGAGTCCGAAAAGTGATTGCTTCACATATCGCCACCAACCCGGAAACACGTCGGCCCATGATAGCTGGtca > 2:2075561/1‑287 (MQ=255) gagGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTgaga > 1:638409/1‑289 (MQ=255) 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aTAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCgg > 2:2684727/1‑265 (MQ=255) aTAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGAc > 1:2727128/1‑289 (MQ=255) tAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATCGGCAcc < 1:1223996/246‑1 (MQ=255) 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TCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATA‑CCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTAGTCATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCAACCTGACCTA > CP042583/1894651‑1895205 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |