| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,896,030 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,896,030 | 0 | A | T | 98.6% | 865.9 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (179/185); minor base C (5/0); total (186/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,896,031 | 0 | G | C | 99.7% | 869.6 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (183/187); total (186/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,896,032 | 0 | C | G | 98.7% | 864.7 / NA | 373 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/0); new base G (179/187); total (186/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
GACCGGGAGCCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTAGTGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATAAGCCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCAT > CP042583/1895754‑1896310 ||| tcatcGCAAGGGAACGTTGAGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTg < 2:2736533/288‑1 (MQ=255) atcGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCt < 2:711299/289‑1 (MQ=255) cGCCATGGCACATAGCGCCAAAGAGTGTTATGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCAGGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATG‑TGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTcc < 2:2239151/289‑1 (MQ=255) cATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCg > 1:1970231/1‑289 (MQ=255) cATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCg < 1:480970/289‑1 (MQ=255) cATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATCCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTTAAGTCGACGCCGATCTGAATACGAAACGGGGTGATTTATGATGGGTCGCATATCGCGTTTTATCACCGGCTTTGGCACGCGGTGGGCTccc > 2:1136020/1‑288 (MQ=255) tGGAACATTGCGCCAAAGATGGTTCAGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAAAAGAACCCCGGTTGGAAGTCGCCGCCGATCGGAATACGCAACGGGGGGATTAATGATGGTTCGCATACGCGGTTTAATGACGCTTTTTTTCAGCGGGTGCCTTCCGGa > 1:667878/1‑288 (MQ=255) 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aaaaaTTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGa < 1:1762231/286‑1 (MQ=255) aaaaTTTTTCTCCTCTGACCCATGCCGCTCACTCGGCAACATGCGGTGCATATGCGGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTGTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACAtt < 2:181196/289‑1 (MQ=255) ttttACGCCGCTGCACCATTCCAATCACTGCGCAATATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTa < 2:809653/289‑1 (MQ=255) ccACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTg > 2:2466605/1‑289 (MQ=255) ctcactGCGCAACCTGGGGTGCATATGCTGGTTCCTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATAGACGGCAAAATGTGGCTAACCGAATTTGCCGACGGGTGGGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGtt < 2:2382556/289‑1 (MQ=255) ctcactGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTTGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTTAAGTCGCCGCCGACCTGAATACGCAACTGGGTGATTTATGATTGGTCGTATATCGCGTTTTATGAcgc > 2:1959061/1‑207 (MQ=255) ctcactGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCt > 1:1874710/1‑283 (MQ=255) cgcAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTTTCATCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCGTTGCCTGTTTGCTTAACTTGCTAACTTTCGTGATCCCCCTTTGGTTTAcacc > 2:2302391/1‑288 (MQ=255) cgcAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATATCGCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCAt < 1:1072161/243‑1 (MQ=255) 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GACCGGGAGCCGCAAAGTGATCATCGCCATGGAACATTGCGCCAAAGATGGTAGTGCAAAAATTTTGCGCCGCTGCACCATGCCACTCACTGCGCAACATGCGGTGCATATGCTGGTTACTGAACTGGCTGTCTTTCGTTTTATTGACGGCAAAATGTGGCTCACCGAAATTGCCGACGGGTGTGATTTAGCCACCGTGCGTGCCAAAACAGAAGCTCGGTTTGAAGTCGCCGCCGATCTGAATACGCAACGGGGTGATTTATGATTGGTCGCATAAGCCGTTTTATGACGCGTTTTGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCAT > CP042583/1895754‑1896310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |