| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,896,330 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,896,330 | 0 | A | T | 99.7% | 842.3 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (174/175); minor base C (0/1); total (174/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,896,331 | 0 | G | C | 99.7% | 826.4 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (174/176); total (174/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,896,332 | 0 | T | A | 99.4% | 825.9 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (173/174); minor base G (0/2); total (174/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
TGTCAGCCGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTAGTGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGAAGTATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTG > CP042583/1896050‑1896605 ||| gtccggcGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCtt < 2:1504746/283‑1 (MQ=255) ccGGTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGtc > 1:2284745/1‑289 (MQ=255) ggTGGCTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGtca > 1:1774011/1‑288 (MQ=255) cTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAGCACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAAc < 1:1752393/288‑1 (MQ=255) cTTCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAAc < 1:1804912/288‑1 (MQ=255) ttCCCGATCCACTGATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACt < 2:626464/288‑1 (MQ=255) cGATCCACTGATCTCTGCCATGTTGCTGACCTTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGa < 1:696347/289‑1 (MQ=255) gATCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGa < 1:100058/280‑1 (MQ=255) aTCTTTGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGCtttggtttgg > 1:1210591/1‑289 (MQ=255) tGCCATGTTGCTGACATTGCTAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGAGTACTGCCGCCTCCGCCGCCAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCCCTTTCTCCGGCTCAGTCGCCTGTTTCATATACCGGGGATGTTGGTTGGTTGTc > 2:2165903/1‑289 (MQ=255) aTGTTGCTGACATCGTCAAGATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCAGCAGCGCGGATCAGTATTGTGAAAATGTGGGGTGATGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGCTGGCGATTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTTCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCTCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGgcg < 2:1571689/289‑1 (MQ=255) cTGACATTGCCAACATTCGTGATCGCGCTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGt > 1:2322456/1‑289 (MQ=255) gcagtCGTGGTCACGCGATGGTGAAGACCTCGAACGCCGATGAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTGTCGGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGGTCGGGCTTATCATCGTTCCCAGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTACGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAGCTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGaa < 2:82942/284‑1 (MQ=255) gcgcTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGa > 2:1312234/1‑288 (MQ=255) cgcTTTGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTTGCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAATTCGCCCGGccgg > 2:229637/1‑285 (MQ=255) tttGGTTAACACCACAAACGCCGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTccc < 1:919689/289‑1 (MQ=255) 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cGATCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGCAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGc > 1:439147/1‑288 (MQ=255) aTCAGCATGGTGAAAATGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATCGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCTGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTTCTCa > 1:2670619/1‑289 (MQ=255) agggTGAAGAGGTGGGGTGACGGTTTCTGGAACTTGCTGGCGTTTGGTATGCAGATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGcc < 2:1404247/286‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |