Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,897,425 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,897,426 | 0 | G | C | 100.0% | 693.3 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,897,427 | 0 | T | A | 99.7% | 690.0 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (140/148); total (142/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GCTGGGCGCTGATCTCGGTAAAAGCGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTAGTCTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATAGTCAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTAGCGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCG > CP042583/1897145‑1897703 ||| ggcgctgATCTCGGTAAATCGGTAATGGCGATCGCCTACGGCGAGCAATGGATGAACATGGCACAACCATTCTGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGGACGTACTGCTATCGGTCGTTTTAACGGTCCGATCGCTTcc > 2:1372706/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |