| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,897,635 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,897,635 | 0 | A | T | 99.7% | 744.9 / ‑6.4 | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (145/171); minor base C (1/0); total (146/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,897,636 | 0 | G | C | 98.7% | 726.4 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base C (142/170); total (146/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,897,637 | 0 | C | G | 99.7% | 753.6 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (145/171); minor base T (0/1); total (146/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
AAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTAGTCTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATAGTCAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACT‑GTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTC‑AATAAAGTATGTG‑GTAGCGGTCTTAAAAGTGTGGCGC‑TTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATT‑GTGGCGGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGAAAACGTGGCTAAAGAGTACGGAATTACCCGTGAAATGCAGGATGAACTGGCGCTACATAGT > CP042583/1897356‑1897916 ||| atatAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACT‑GTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTC‑AATAAAGTATGTG‑GTTCGGGTCTTaaaa < 1:2756/287‑1 (MQ=255) aaaTGAAAAATTTTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGCCCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACT‑GTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTC‑AATAAAGTATGTG‑GTTCGGGTCTTAAAAGTGTGgc < 1:67008/289‑1 (MQ=255) aaaTGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACT‑GTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTC‑AATAAAGTATGTG‑GTTCGGGTCTTAAAAGTGTGgc < 1:323483/289‑1 (MQ=255) gAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACT‑GTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTC‑AATAAAGTATGTG‑GTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGC‑tt < 2:1310488/289‑1 (MQ=255) 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taaaTAAAGTAGGGG‑GTTCGTGTCTTAAAAGTGTGGTGC‑GTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATT‑GTGGCGGGGGGTATGGAAAATATGTGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGAAAACGTGGCTAAAGAGTACGGAATTACCCGTGAAATGCAGGATGAACTGgc < 2:807465/287‑1 (MQ=255) aTGTG‑GTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGC‑TTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATT‑GTGGCGGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGa > 1:201420/1‑154 (MQ=255) aTGTG‑GTTCGGGTCTTAAAAGTGTGGCGC‑TTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATT‑GTGGCGGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTa > 1:2410294/1‑162 (MQ=255) aTGTG‑GTTCGGGTATTAAGAGTGTGGCGC‑TTCCCGCCCAGGCCATTCAGGAAGGTCAGCCGAAGAGCATT‑GTGGCGGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGAAAACGTGGCTAAAGAGTACGGAATTACCCGTGAAATGCAGGATGAACTGGCGCTACAttca < 2:1110715/289‑4 (MQ=255) ||| AAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTAGTCTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATAGTCAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACT‑GTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTC‑AATAAAGTATGTG‑GTAGCGGTCTTAAAAGTGTGGCGC‑TTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATT‑GTGGCGGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGACAGGTTTATGACGTAATCCTGCGCGATGGCCTGATGTGCGCCACCCATGGTTATCATATGGGGATTACCGCCGAAAACGTGGCTAAAGAGTACGGAATTACCCGTGAAATGCAGGATGAACTGGCGCTACATAGT > CP042583/1897356‑1897916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |