Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,911,321 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,911,321 | 0 | A | T | 99.3% | 973.3 / NA | 410 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,911,322 | 0 | G | C | 100.0% | 977.5 / NA | 410 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (192/218); total (192/218) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,911,323 | 0 | T | A | 99.8% | 986.5 / NA | 410 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (191/217); minor base G (0/1); total (192/218) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 410 total aligned reads displayed.
GTATGGCGCGCGAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGAGTGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCAGCACACTTAACCGCAACGGCAAGAGTTGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCATGATGTGAAGAAGTTTATTAAACCGGCAGAATTGCTGGGCTGGGTGGATCAGACCAGTTTAAAAGAGCGGCATATCACTGGGCTGCATTACAACCCGATCACTAATACTTTTAAACTCGGCCCCGGCGTGGATGTGAACTATATGCTGCACACGCAGAATAAGTGAGGTTGATGTTTGGCCGCGCCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAG > CP042583/1911043‑1911602 ||| gcgcgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggt < 1:1558922/288‑1 (MQ=255) acgAAGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGTGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCTCTGGAAAGCGGCATTCAAGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCATTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCGGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCggtggt < 1:1463770/288‑1 (MQ=255) aGGCGCGACGGTGACCGGTCTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttggt < 1:1430629/289‑1 (MQ=255) cTGGATATGGGCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCa < 1:2473283/289‑1 (MQ=255) 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ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCa > 2:757019/1‑289 (MQ=255) ggCTTTGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGGGGTTGGTGCGGAATATAGTTTGCGCATGGTGcccc > 2:1905715/1‑288 (MQ=255) ttGAGCCATTGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCa > 1:1991667/1‑276 (MQ=255) 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ttGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGCCCAAAGGCACGCatg < 1:2032678/289‑1 (MQ=255) tGCAGGTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGtggttggt < 1:274983/248‑1 (MQ=255) ggTGGCAAAACTGCACGCACTGGAAAGCGGCATTCAGGTGGATTACGTGCAGGAAACCGTGGAAGAGCACGCGGCAAAACATGCCGGGCAGTATGATGTGGTGACCTGCATGGAGATGCTGGAGCACGTCCCCGATCCGCAGTCAGTGGTCAGAGCCTGTGCGCAACTGGTGAAACCAGGCGGCGATGTCTTTTTCTCGACACTTAACCGCAACGGCAAGTCATGGCTGATGGCGGTGGTTGGTGCGGAATATATTTTGCGCATGGTGTCCAAAGGCACGGCTTAtgtg > 2:7139/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |