| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 534,948 | 6 bp→TGACGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,949 | 0 | C | G | 99.5% | 471.5 / ‑4.4 | 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (94/104); minor base A (1/0); total (95/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,950 | 0 | T | A | 99.0% | 471.6 / NA | 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (94/102); minor base C (1/1); total (95/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,951 | 0 | G | C | 99.5% | 467.6 / NA | 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (94/104); total (95/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,952 | 0 | C | G | 99.5% | 470.4 / NA | 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (94/104); minor base A (1/0); total (95/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 534,953 | 0 | T | A | 99.5% | 475.6 / NA | 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (94/104); total (95/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
GCGCCAAGAATGGACTCAAGGCCCTGACTGATATACTCATGTAGATGCATCGCAAATGCGGTAGGAGTGACACCCTGGCCTTTGCGAATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCGCTGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCACTGCTCTTTCTGCTTAAACAGGGTTCAATTTGATTATTACTATCCACGCACTTACTCCAATTTTATTCATGGAAAAATAATATTTAAAAAATTACAATAATCTTATGTCTAATTGGAACGGAACGCTTTTGCTCACCATAATCAACTATTTCAATAGGTTAATCAATGGGGTGAGTTACGGAGCAAGGCGTGGCACCGCATTTCTGCAAGTGATAAAGAAAATATACAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACC > CP042583/534679‑535223 |||||| gcgcCAAGAATGGACTCAAGGCCCTGACTGATATACTCATGTAGATGCATCGCAAATGCGGTAGGAGTGACACCCTGGCCTTTGCGAATAAACAATGGGTCAGGGAATATAACGCGCAGTTTCTGAATAGACTGACTGATTGCCGAGGGGGTCAGATTAAGCACTTTCGCTGCATTAACGATCCCTTTATGTACATATACAGCTTCAAAAATAGTCAGAAGGTTAAGATCAATATTTCGTAAGGTTGTAAATATTTGTGGTTTACCTTCTGACGACTTTCTGCTTAAAc < 2:1089509/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |