| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 535,356 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 535,356 | 0 | A | T | 99.0% | 994.6 / NA | 415 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (226/184); minor base G (1/3); total (228/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 535,357 | 0 | C | G | 99.8% | 991.6 / NA | 415 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (228/185); minor base A (0/1); total (228/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 535,358 | 0 | T | A | 99.5% | 996.9 / NA | 415 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (228/184); total (228/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 415 total aligned reads displayed.
GCTCACCATAATCAACTATTTCAATAGGTTAATCAATGGGGTGAGTTACGGAGCAAGGCGTGGCACCGCATTTCTGCAAGTGATAAAGAAAATATACAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGACTTATTTTAGCCATTTCCATTCCGGCATACCCACAAGGATTAATACGTAAAAATGGACTAAGATCCATATTGACGTTTAATGCCAGACCGTGGAAACTACAACCGCGTCGAATACGTAAACCCAGACTGCAAATTTTCTTTTCCCCAACATAGACACCTGGCGCGTCAGCCCGAGGATGCGCTTCTATACCCAGTTCAGCCAGGGTATTCACCACTGTTTGCTCAAGCAAGGTCACCAGTTCACGCACACCGAGTTTACGGCGTTTCAGGTTAAGCAACA > CP042583/535079‑535636 ||| aaTCAACTATTTCAATAGGTTAATCAATGGGGTGAGTTACGGAGCAAGGCGTGGCACCGCATTTCTGCAAGTGATAAAGAAAATATACAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGTGATATTTTAGCCATTTCCAt < 2:1486380/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |