Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 535,452 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 535,452 | 0 | A | T | 100.0% | 1052.5 / NA | 437 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 535,453 | 0 | C | G | 99.5% | 1043.5 / NA | 437 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (229/205); minor base A (1/1); total (231/206) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 535,454 | 0 | T | A | 99.8% | 1052.1 / NA | 437 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (230/205); total (231/206) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 437 total aligned reads displayed.
CAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGACTTATTTTAGCCATTTCCATTCCGGCATACCCACAAGGATTAATACGTAAAAATGGACTAAGATCCATATTGACGTTTAATGCCAGACCGTGGAAACTACAACCGCGTCGAATACGTAAACCCAGACTGCAAATTTTCTTTTCCCCAACATAGACACCTGGCGCGTCAGCCCGAGGATGCGCTTCTATACCCAGTTCAGCCAGGGTATTCACCACTGTTTGCTCAAGCAAGGTCACCAGTTCACGCACACCGAGTTTACGGCGTTTCAGGTTAAGCAACACATACATCACCTGTTGCCCCGGCCCGTGATAAGTCACCTGCCCACCGCGATCGCTCTGGATCACCGGAATATCACCCGGCATTAAAATGTGCTCCG > CP042583/535175‑535732 ||| cAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGTGATATTTTAGCCATTTCCATTCCGGCATACCCACAAGGATTAATACGTAAAAATGGTGAAAGATCCATATTGACGTTTAATGCCAGACCGTGGAATGAACAACcgcg < 2:22740/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |