Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (170/189); minor base A (0/1); total (170/191) | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,930,029 | 0 | T | A | 98.9% | 856.0 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (170/187); minor base G (0/4); total (170/191) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
CTCACCGTAGGGAGGATAGCGCGTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTACTGCTTAACCACAGACCAATTTGCACTTCGCCCTTGCGTAAACGTTCTTTAAAGGGATTGCTTAATAATGCGTTCATCGTGTTCCTTAACCTATTTAATGATGTGCCACGTCGGTCTGCGCAACAGTGCGATTTACACGCAGAGTGAAAATAATCAGGCTACCGATGACCGCCACCGCTGCCAGCGTCAGTAATCCCGCCGCATCGCTGGCAAATAACGTTTCTGCTTTCACGCGCAGGATCGGGGCAATAAACCCGCCCACTGCACCAAACAGGTTTAC > CP042583/1929748‑1930307 ||| ggaggaTAGCGCGTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACCACAGACCaa > 1:1004013/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |