| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 538,004 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 538,005 | 0 | C | G | 98.0% | 678.1 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/0); new base G (147/146); total (153/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 538,006 | 0 | T | A | 98.3% | 666.8 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (145/144); minor base C (4/1); total (153/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
TGCGCGGTAGTAATAAAACTCTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGGCTGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGGCTGGTTGCAGGCGTTGTGCTCGGAGCT‑GTAACAACGGGCTGTGGCGCAGGCGTCGGTTCGCTGCCTTCCAGTACACCAGGCGCTAAGGTCGTTGGTGCGCCGAGGAAACCGCTACTGGTTACCGGCGCGCCGGTCGGATCTTCGCTTTTTAGCGTGCTATTACTGACCGGAAGAATGTCACCCTGCGGGCCAGACACACTACTTGTTCCCGCGCCACCGCTTAAATCGGGAGGTGCAGGCAGGGCGTAAGTCTGTTTGGCGACTGTGGTACAAGCCATACCAGGACCAGAAA > CP042583/537723‑538278 ||| gcgcGGTAGTAATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTTGTCGACGGAGc < 1:2435630/289‑1 (MQ=255) tagtaATAAATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTTGTCGACGGAGCT‑GTaac > 1:664414/1‑289 (MQ=255) agtaATAAATGCCTGTAGTTGGGCTTCGTTTTGCAACCGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTTGTCGACGGAGCT‑GTaaca < 2:2651797/289‑1 (MQ=255) taataaATGACTGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTTGTCGACGGAGCT‑GTaacaac > 1:1542238/1‑289 (MQ=255) aatgactGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCGGTGTCACCCTTGCAGGCGTGGTTGCAGGGGTTGTCGACGGAGGT‑GTACCAAAggggt > 1:1258482/6‑287 (MQ=255) tgactGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTGCGAGACGGCTTGCGGTGTCACCATTGCAGGCGAGGTTGCAGGCGTTGTCGACGGAGCT‑GTAACAACGGGCtgt > 1:2122467/4‑289 (MQ=255) tGTAATTGGGCTTCGGTTTGCAAACGTTGCTGCAAGGTACTGGCTTCGGCTTTGCTGGCGAATGGGCCAAGCTGGATCCGCCAGACCGCGCCATTTTGAGTTACGCGACCGGGGACGCCGAACTTCTGTCCCAGTTGCTGTTGGTACTGTTGCGCACGAGCCTGATCGCTTACGGCCCCGACTTGCACCATAAAGTTGCCGCTGGCGCTTTTCGAGACGGCTTGCGGTTGCACCATTGCAGGCGCGGGTGCAGGCGTTGTCGGCCGAGGC‑GTGACAACGGCGTGTGgcg > 2:114525/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |