| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,944,112 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,944,112 | 0 | A | T | 100.0% | 843.7 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (178/178); total (178/178) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,944,113 | 0 | G | C | 99.4% | 821.6 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (177/175); total (178/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,944,114 | 0 | C | G | 99.7% | 845.2 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (177/178); total (178/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
GTATCGTCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTAAGCCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCAGTGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTT > CP042583/1943833‑1944392 ||| gTATCGTCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGt > 1:720153/1‑288 (MQ=255)gTATCGTCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTc > 1:627289/1‑289 (MQ=255) tATCGTCCCAAATGATCTTGCTAACATTGGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTGGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCa < 1:1095074/289‑1 (MQ=255) ttCGTCCCAAAAGCTTGGGCTAACATTAGTCTTTGCAAGCTTGCTTAGCGTTGCAGGTCAGTTGTTTCATGAACAGGCAACCTGCTTCGTGGCGATAAACAACCGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCAc < 2:2237914/288‑1 (MQ=255) aTCGTCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCa < 1:1249015/288‑1 (MQ=255) tCCCAAATGATCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTgga > 1:1974143/1‑288 (MQ=255) aTGATCTGGCTAAACTGAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTgggg < 2:1788031/289‑1 (MQ=255) tCTGGCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCTCGTCACTGGTGTGGTGTGGc > 1:262098/1‑289 (MQ=255) tgcttatcATTGGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTGGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACGTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGt < 2:614268/282‑1 (MQ=255) gCTAACATTAGTCTTTGCCAGCTTGCTTAGCGTTGCCGGGCAGTTGTGTCAGAAACAGGCAACCTGCTTTGTGGCGATAAACAAACGGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCCCTGGTGTGGGGGGGCGttt > 1:1471788/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |