Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,944,219 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,944,219 | 0 | A | T | 99.7% | 902.0 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (197/180); total (198/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,944,220 | 0 | G | C | 99.5% | 902.9 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (196/181); minor base T (2/0); total (198/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,944,221 | 0 | T | A | 99.7% | 902.7 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (197/181); total (198/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
GGCGCAAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTAAGCCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCAGTGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCA‑TAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTAGTATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTAGCCTGAAAGCACTACT > CP042583/1943939‑1944499 ||| aaaCATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAAt < 1:2207151/288‑1 (MQ=255) tgGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTGTTgc > 1:2416895/1‑289 (MQ=255) cTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTgcgg < 1:2733525/288‑1 (MQ=255) gggACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGa > 2:411838/1‑289 (MQ=255) cTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTc < 1:2604514/288‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCAt > 1:1662806/1‑289 (MQ=255) gcgcTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCt > 2:241623/1‑289 (MQ=255) ggCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTgccg > 2:1300277/1‑288 (MQ=255) cttggtcttgCCCTGGTGCTCTTGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTAAGGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGCCGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGAc < 1:730055/289‑1 (MQ=255) cttgggcttgCCATGGGGCTCTGGCTGCTGTTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGAc < 2:1471788/289‑1 (MQ=255) ttggtcttgCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACg < 1:477401/289‑1 (MQ=255) gCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTCTTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATg > 2:1848956/1‑289 (MQ=255) gCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTTTg > 1:1497626/1‑289 (MQ=255) gTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCTTCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGAttt > 2:2232939/1‑289 (MQ=255) ctctGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAAt < 1:331203/231‑1 (MQ=255) ctctGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAAt > 2:331203/1‑231 (MQ=255) gctgctGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCgg > 1:1029870/1‑289 (MQ=255) ttgctgGGCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGATGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTGTCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCgg < 2:2352188/287‑1 (MQ=255) tgctgGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGct < 2:2693768/289‑1 (MQ=255) gctgGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTTCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCCCTTTTGGGATTTTCTCGCGGct > 2:2737531/1‑288 (MQ=255) gctgGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAGTTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTTCTCTGCCGCCGATGACGCACTTGTGGGATTTTATcgccgc > 2:827389/1‑287 (MQ=255) gctgGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACg > 2:1015937/1‑264 (MQ=255) 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cGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAAt > 2:1396673/1‑208 (MQ=255) ccGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGa < 1:877508/289‑1 (MQ=255) ccGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGa > 1:2624663/1‑289 (MQ=255) tAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGc < 1:2682632/288‑1 (MQ=255) ggCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCg > 1:1442229/1‑289 (MQ=255) aTTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCTGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTTGCCTGGATGCCCGGAt > 1:2163191/1‑289 (MQ=255) aTTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGtt < 1:1003507/265‑1 (MQ=255) aTTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGa < 1:1300277/288‑1 (MQ=255) cTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGa > 2:946917/1‑284 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |