Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,944,977 | 0 | T | A | 99.7% | 781.2 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (170/154); minor base C (1/0); total (171/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
ATCCCCCACTTTCACGGCGAAGTCACTCTTCACTTCGGCGATCATTTTTATCGCGCCGCCAGCATCGCAGAGCATAAGTACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCAGCTTTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGACTAATTTTAATACCGCCGTTTTTCAGCTCCGGCGGCAGAGTTAGCCAGCGCACCGGTTGTTGAAAACGGGCCAGCTTATCTTTCACCCATTCACTAAGATCAACGCTCTCGTGGTCATACTCCATCACCGCCACCGGTCGATGACCAAACTCCTTGTCGGCAACGGGGACGATAAACACCTGCAAAACCGCAGGATGTGCAGCAATTACGCGCTCGACTTCTTCCGGCTGAATACCCTCTCCGCCACTGAAGAATAGATTGTCTAAACGTCCGACAATGGT > CP042583/1944695‑1945256 ||| ccACTTTCACGGCGAAGTCACTCTTCACTTCGGCGATCATTTTTATCGCGCCGCCAGCATCGCAGAGCATAAGTACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCACGATTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGTGCAATTTTAATa > 1:2602406/1‑288 (MQ=255) 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ATCCCCCACTTTCACGGCGAAGTCACTCTTCACTTCGGCGATCATTTTTATCGCGCCGCCAGCATCGCAGAGCATAAGTACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCAGCTTTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGACTAATTTTAATACCGCCGTTTTTCAGCTCCGGCGGCAGAGTTAGCCAGCGCACCGGTTGTTGAAAACGGGCCAGCTTATCTTTCACCCATTCACTAAGATCAACGCTCTCGTGGTCATACTCCATCACCGCCACCGGTCGATGACCAAACTCCTTGTCGGCAACGGGGACGATAAACACCTGCAAAACCGCAGGATGTGCAGCAATTACGCGCTCGACTTCTTCCGGCTGAATACCCTCTCCGCCACTGAAGAATAGATTGTCTAAACGTCCGACAATGGT > CP042583/1944695‑1945256 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |