Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,957,883 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,957,883 | 0 | A | T | 100.0% | 737.5 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,957,884 | 0 | G | C | 98.7% | 721.1 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (131/171); minor base A (0/4); total (132/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,957,885 | 0 | T | A | 100.0% | 734.6 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (132/176); total (132/176) |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
AACAGGCGTGCAGCTGGTCGCCTATGCGAGCGAAGAACCGCCCTTCTTTCGTAGCGATGAAATGGGGAGCGCGGTGCATGCAGCTAGCCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTGCGCCTGGAAGCCAGAATTACCCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGGGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATTGTTGAGTTCTCAGGATTTATCTGTTTATTCTATGAATACCCCAGGGTTTATTCCCGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGACATGCACATTT > CP042583/1957609‑1958164 ||| aaCAGGCGTGCAGCTGGTCGCCTATGCGTCGGAAGAACCGCCCTTCTTTCGTAGCGATGAAATGGGGAGCGCGGTGCATGCAGCTTCGCTTGAGCGTCCAGTGAAATTAATGATAGCACTGGAGATGATTGGCTATTACGACTCTGCGCCTGGAAGCCAGAATTACCCTTACCCGGCAATGTCCTGGCTTTATCCCGATCGGGGAGACTTTATTGCCGTGGTCGGCAGAATACAGGATATCAACGCCGTTCGTCAGGTAAAAGCGGCATTGTTGTCATCTCAGGATTTa < 1:1461708/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |