| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,960,043 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,960,043 | 0 | A | T | 100.0% | 803.7 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,960,044 | 0 | G | C | 99.7% | 792.9 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (185/147); minor base A (0/1); total (185/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,960,045 | 0 | T | A | 100.0% | 804.8 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (185/148); total (185/148) | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
CGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATAGTAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTAGTCCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGAGTGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCG > CP042583/1959766‑1960324 ||| cGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTTCAATATGTTGc > 1:2434035/1‑289 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CGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATAGTAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTCGATGACCCAGACTGGCCCTTTAGTGAAAGTATTTTAGTTATCACCACTGCTAGTCCAGAAGAAGTTCAGAGCTGGTTTGTAGAAGAAATTGCCCCTGATGAGTGCTGGGAAGGATGGAGTGAAGATACGGAGCATGGATGGGTTGAAGTCCCTGTGGGTATGCATCCG > CP042583/1959766‑1960324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |