| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,974,468 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,974,468 | 0 | G | C | 99.1% | 765.3 / ‑3.0 | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (167/155); minor base A (2/1); total (169/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,974,469 | 0 | C | G | 99.4% | 767.8 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (166/156); total (169/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,974,470 | 0 | T | A | 99.4% | 769.7 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (168/156); minor base G (1/1); total (169/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
GTGACTGTTGATGCGGAACAGTTCGGAGAGCATAACGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGCACGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCGCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCGCTCGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGGCTGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATCTTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCG > CP042583/1974189‑1974747 ||| gTGACTGTTGATGCGGAACAGTTCGGAGAGCATAACGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGCACGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCGCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCCGACGggtgg > 1:2702030/1‑289 (MQ=255) tGATGCGGAACAGTTCGGAGAGCATAACGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGCACGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCGCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCCGACGGGTGGTTCGGAc < 1:1255093/288‑1 (MQ=255) aTGCGGAACAGTTCGGAGAGCATAACGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGCACGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCGCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGCTGTCTGGTACGCAGTCGACCATCCCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCACCCTGCGCCGACGGGGGGTTCGGACAGa > 2:1933278/1‑289 (MQ=255) aCAGTTCGGAGAGAATAACGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGCACGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCGCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGa < 1:2650191/288‑1 (MQ=255) ttCGGAGAGCATAACGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGCTTCTCTACCGCCAGCCCGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCCCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCACGCCTGGCGTTCGCCCATTTCCCCCGCCCCACGGGCGTGGTAACCGATGTCCGGTACGCAGTCCACAATCTCTCCGCCATCCAGTCTCAAAACGATCCGGAACGCCCCGTGCGCACACGGGGGGCTCGGACCgccgctcaggag > 2:774807/1‑277 (MQ=255) ttCGGAGAGCATAACGCGAACGACGTTAACGCGATCGGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGAACGTAAGGCATTTCGGTAACGCAGCCGCCGAGGTACTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCGGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTTGCAACCGATGTCCGGTACGCAGTCGCCAATCTCTTCGCCCTCGGCTTGCAAAACGCTACGGAAAGCCCCGTTCGCCGGCGGGGGGTTCTGGCCGAGGTTGAGGaaa > 2:1707573/1‑288 (MQ=255) tCGGAGAGCATAGCGCGAATGACGTTAACGCGATCCGGCACGGTGATCCCGGCCAGTTTCTCTACCGCCAGCACGTAAGGCATTTCGTTAACGCAGCCGCCGAGGTATTCGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGCGCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAgg < 1:1021902/285‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |