Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,977,018 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,977,018 | 0 | A | T | 99.7% | 821.9 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,977,019 | 0 | C | G | 100.0% | 823.3 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (159/183); total (159/183) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,977,020 | 0 | T | A | 100.0% | 829.0 / NA | 342 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (159/183); total (159/183) |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
TTTTGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGT‑GC‑GTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAAACTATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAGCCATCTACTCCACTCAGCACACGCAGGTCCGGGCTCATCATCTCAACCGGCCTTGCCGTCACGCCAAGACCGGCTTTCACTGCCGCACGAACGGCCGGAAGCGTGCTGGCGACATAAGCCAGTCGCCATGGA > CP042583/1976738‑1977297 ||| ttttGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTATTCAGGCGATTATTTGT‑GC‑GTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAatcatc < 1:2567479/289‑1 (MQ=255) tttGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTATCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGT‑GC‑GTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATcc < 1:211834/289‑1 (MQ=255) ttGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGT‑GC‑GTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATcc > 2:2137799/1‑288 (MQ=255) tGTCATTCCATAACAAAAACGCAGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGT‑GC‑GTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATcccc < 1:919782/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |